Ergenekon'da yer alan bazı zanlıların, PKK, DHKP-C, TİKKO ve Hizbullah'tan sonra Hizb-ut Tahrir terör örgütü ile bağlantılı olduğu öne sürüldü. Ergenekon'un 8. dalgasında Ankara'da gözaltına alınan zanlıların ev ve iş yerlerindeki aramalarda, Hizb-ut Tahrir ve Hizbullah'la ilgili çok sayıda döküman ele geçirildi. Hizb-ut Tahrir örgütü, apartmanların posta kutularına bırakılan, Atatürk ve Cumhuriyet aleyhindeki kışkırtıcı bildirilerle gündeme geliyordu.