27 Kasım 2005 tarihinde oynanan Türkiye Süper Ligi'nin 14.haftasındaki Galatasaray-Fenerbahçe maçında, "Rakip takım taraftarına ve müsabaka hakemine hakaret ettiği nedeniyle" Profesyonel Futbol Disiplin
Kurulu tarafından, 3 maç ceza aldı, fakat ceza iki gün sonra Futbol Federasyonu Tahkim Kurulu tarafından kaldırıldı.
17 Aralık 2005'te oynanan ve 6-2 kazanılan Türkiye Süper liginin 17.haftasındaki Fenerbahçe-Denizlispor maçında 4 gol birden attı. Böylece Fenerbahçe lig tarihinde bir maçta 4 veya daha fazla gol atan 13.futbolcusu oldu.
Semih 2006 yılında futbol sahalarında az rastlanan bir olaya imza attı.
13 Aralık 2006 tarihinde 2-2 biten, Fenerbahçe-Eintracht Frankfurt UEFA Kupası Grup 4. maçında, 75. dakikada oyuna girip, 79. dakikada ilk sarı kartını görüp, 82. dakikada Fenerbahçe'ye bir üst tura geçmesini sağlayan beraberlik golünü röveşata ile atan ve 90+1. dakikada ikinci sarı kartını gören Semih, hakemin kırmızı kart vermeyi unutması üzerine oyun başladıktan sonra yaklaşık 20 saniye daha
oyunda kaldı.
Semih bu olayın ardından hakemi uyararak, ona kırmızı kart göstermesini söyledi ve olası bir kural hatasına engel oldu.
Semih, 19 Mayıs 2006 tarihinde Fenerbahçe ile 2 yıllık yeni sözleşme imzaladı.
Fenerbahçe'nin 26 Temmuz 2007 tarihinde yardımcı-kaptanlığını üstlendi.
Semih Şentürk, 8 Mart 2009 tarihinde oynanan Kayserispor-Fenerbahçe maçında takımının ilk gölünü atarak Kadir Has Stadyumunda ilk gol atan futbolcu olarak tarihe geçti.
Semih 12 Nisan da Ali Sami Yen Stadyumu'nda oynanan Galatasaray Fenerbahçe maçında milli takımdan arkadaşı Arda Turan ile kavga etti Bu olaydan sonra Semih, Süper Lig'deki ilk kırmızı kartını aldı ve
PFDK tarafından 3 maç ile cezalandırıldı.
Cezası bittiği ilk hafta Beşiktaş ile İnönü'de oynanan maçta 2 gol attı.
Maçlarda genellikle sonradan oyuna giren ve takımına hayat veren Semih, 30 Haziran 2008 tarihinde Fenerbahçe ile yeniden 2 yıllık sözleşme imzaladı.
6 Ağustos 2008 tarihinde oynanan ve Fenerbahçe'nin 5-0 kazandığı, MTK Budapeşte-Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi 2.Ön Eleme 2.maçında, takımın 4 golünü birden atarak önemli bir başarıya imza attı.
Böylece Fethi Heper'e ait olan "bir Avrupa Kupası maçında en fazla gol atan Türk futbolcusu" unvanını egale etti...
Şampiyonlar Ligi'nde bir maçta 4 gol atan ilk Türk futbolcusu oldu.
Semih'in Fenerbahçe ile olan sözleşmesi normal şartlarda geçen sezon sonunda sona eriyordu.