Baylar'ın profesörlüğe başvuru puanı, yönetmelik ilkeleri değiştirilerek 2 bin 700'den 1.250 puana düşürüldü. Kendisiyle beraber aynı kadroya başvuran diğer adaydan 500 puanlık avantajı olan Baylar, birdenbire 2. sıraya gerilemiş oldu. Değiştirilen 'Öğretim Üyeliğine Yükseltilme ve Atanma İlkeleri'nin 17. maddesinin 2003'ten beri yürürlükte olduğunu hatırlatan Baylar, "Yürürlükte olan ve yüzlerce akademisyen için kullanılan sistemin sadece atıflar kısmının alelacele değiştirilmesi, bazı kişi veya kişilerin akademik ilerlemelerine engel olmak için yapıldı." iddiasında. 281 tane uluslararası atfının, profesörlük kadrosuna yaptığı başvuruda kullanılamaz hale geldiğini belirten Baylar, "Benim en bariz üstünlüğüm atıf puanları idi." diyor. Rektörün şahsına olan husumetinden dolayı böyle bir değişiklik yaparak profesörlüğünü engellediğini anlatan Baylar, konuyu yargıya taşıyacağını vurguluyor. Değişiklik yaptıklarını kabul eden Rektör Feyzi Bingöl ise iddiaları reddediyor: "Üniversiteler ilandan önce bu kadroya müracaat edeceklerde aranacak şartları belirleyebilir. Kimsenin mağdur edilmesi veya korunması söz konusu değil."
Rektör Feyzi Bingöl'ün 2001 yılında Ahmet Baylar'a dair fişlemede bulunduğu geçtiğimiz günlerde basına yansımıştı. Fişleme raporunda şu ifadeler yer aldı: "Araştırma görevlisi Ahmet Baylar'ın eşi Müfide Baylar öğrencilik döneminde üniversitemizde uygulanan kılık-kıyafet ile ilgili mevzuatlara uymamış, türbanlı derslere girmiş ve bu nedenle bir ay süreyle üniversiteden uzaklaştırılmıştır. Bu dönemde Ahmet Baylar'a eşinin kılık-kıyafet ile ilgili mevzuata uyması konusunda yardımcı olması istenmiş, ancak Baylar eşinin demokratik hakkını kullandığını ve türbanla gelmenin sakıncalarını anlamadığını belirtmiştir. Bu tür insanların üniversitede hizmetlerine ihtiyaç olmadığı kanısındayım."
