CHP'nin mahkemelik olan 38. Olağan Kurultayında kurulan delege borsası ve şaibelerin tam göbeğinde yer alan, il başkanlığı binasının alım sürecinde dizilen para kulelerinin müteaahhidi olan İmamoğlu'nun üniversite diploması da şaibeli çıktı.
İmamoğlu'nun 1987 yılında Kıbrıs Doğu Akdeniz Üniversitesi İnşaat Mühendisliği Bölümü'ne sınavsız kayıt yaptırdığı, ardından Girne Amerikan Üniversitesi İşletme Bölümü'ne geçtiği ve 1990 yılında İstanbul Üniversitesi'ne yatay geçiş yaptığı öğrenildi. Ancak, bu geçişin yasal olmadığı, çünkü Girne Amerikan Üniversitesi'nin o dönemde Türkiye'de denkliğinin bulunmadığı ve İmamoğlu'nun not ortalamasının yatay geçiş için yeterli olmadığı iddia edildi.
Bu iddiaların ardından İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü'ne yazdığı müzekkerede, Ekrem İmamoğlu'nun usulsüz olduğu belirlenen yatay geçişine kimlerin onay verdiğinin tespit edilerek savcılığa bildirilmesini talep etti. Müzekkerede ayrıca, ilgili idari işlemlerin başlatılması ve diplomanın geri alınması yönünde de talepler yer aldı.
İmamoğlu'nun YÖK raporuyla usulsüz olduğu tespit edilen Kıbrıs'taki üniversiteden İstanbul Üniversitesi'ne yaptığı yatay geçiş başvurusunu inceleyerek fakülte yönetim kuruluna öneren "Yatay Geçiş Komisyonu üyelerine" ulaşıldı. 1990 yılında İstanbul Üniversitesi İşletme Fakültesi Yönetim Kurulu, yatay geçiş başvurularını değerlendirmek üzere Yatay Geçiş Komisyonu oluşturduğu öğrenildi. Fakültedeki öğretim görevlilerinden oluşan komisyonun başvuruları inceleyerek karara bağladığı bilgisine ulaşıldı.
Yapılan ön inceleme sonucunda, YÖK tarafından tanınmayan ve denkliği bulunmayan bir üniversiteden yatay geçiş isteyen Ekrem İmamoğlu ve diğer başvurucuların talebinin oy birliğiyle kabul edildiği ortaya çıktı. Komisyon üyeleri, başvuruları fakülte yönetim kuruluna önererek süreci ilerletti.
