Yargıtay 9. Ceza Dairesi davaya ilk olarak bakan İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nin 'örgüt yok' kararını bozarak sanıkların suç örgütünden yargılanması ve cezalandırılması gerektiğini belirtmişti. Yargıtay ayrıca Erhan Tuncel'in Hrant Dink'i öldürmek suçundan aldığı beraat kararını da bozmuştu. Yeniden görülmeye başlanan davada mahkeme bir sanık dışında diğer sanıkların bozmaya karşı görüşlerini aldı. Ancak sanıklardan Ahmet İskender bugüne kadar yakalanamadığı için davanın yeniden görüldüğü İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi, bozmaya yönelik kararını verememişti.
İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi'nde bugün görülen duruşmaya hiçbir sanık katılmadı. Dink ailesinin de katılmadığı duruşmada avukatlar hazır bulundu. Mahkeme, Yargıtay'ın bozma ilamına karşı savunması alınacak olan sanık Ahmet İskender'in halen yakalanamadığını tutanağa geçirdi. Mahkeme, Dink ailesinin avukatlarının "Ahmet İskender'in dosyası ayrılsın ve Yargıtay'ın bozma kararına karşı bir hüküm kurulsun." talebiyle ilgili karar verdi.
Bu aşamada Ahmet İskender'in savunması alınmadan, diğer sanıklar hakkında hüküm kurulabileceğini belirten mahkeme, İskender'in bozma ilamına karşı diyeceklerinin sorulmasına şimdilik yer olmadığını kararlaştırdı. Mahkeme, hüküm verilene kadar sanığın yakalanamaması durumunda dosyasının ayrılmasına karar verdi.
Mahkeme, Yargıtay 9. Ceza Dairesi'nin bozma ilamının, dosya içeriğine göre yasal ve yerinde olduğunu belirterek oybirliği ile bozmaya uyulmasına hükmetti. Mahkemenin bu kararı doğrultusunda sanıklar 'suç işlemek için örgüt kurmak, yönetmek ve kurulan örgüte üye olmak' suçlarından yeniden yargılanacak.
Mahkemenin bu ara kararlarının ardından duruşmaya devam edildi. Dink ailesinin avukatları, Trabzon 1. Ağır Ceza Mahkemesi'nde eski Trabzon Alay Komutanı Ali Öz'ün de sanıkları arasında olduğu davanın bu dava ile birleştirilmesini talep etti. Avukatlar, Hrant Dink'in katili Ogün Samast'ın İstanbul 2. Çocuk Ağır Ceza Mahkemesi'nde örgüt suçundan yargılandığı davanın da bu dava ile birleştirilmesini istedi.
Talepleri karara bağlayan mahkeme, Ogün Samast'ın örgüt davasının ana dosya ile birleştirilmesine hükmetti. Trabzon 1. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki davanın ise bu dava ile birleştirilmesine yer olmadığına hükmeden mahkeme, Yargıtay kararı doğrultusunda sanıklardan Osman Hayal'in önden ve yandan kartpostal ebadında fotoğraflarının çekilmesine karar verdi. Bu fotoğrafların TÜBİTAK'a gönderilmesini kararlaştıran mahkeme, görüntülerde Ogün Samast'ın arkasından geldiği iddia edilen kişinin sanık Osman Hayal olup olmadığını tespit edilmesine karar verdi.
Davaya bakan kapatılan özel yetkili İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi örgüt yönünden tüm sanıkların beraatine karar vermişti. Yargıtay 9. Ceza Dairesi ise sanıkların suç örgütü sönünden yeniden yargılanmaları gerektiğini belirterek bu kararı bozmuştu.