Yazarı Mustafa Balbay, 4 yıl hapis yattı. Eski imtiyaz sahibi merhum İlhan Selçuk, gözaltına alındı. Ancak Cumhuriyet gazetesi, Paralel Yapı'ya hizmette sınır tanımadı. Gazetenin genel yayın yönetmeni Can Dündar, Ergenekon, Şike ve Gezi baskınlarını yapan eski emniyetçi Nazmi Ardıç'tan talimat aldı. Savcı Celal Kara ile röportaj yaptı. İşte Cumhuriyet bu kez Balyoz davasının kaynağı olan Mehmet Baransu için sayfa açtı. Baransu, askeri harekat bilgilerini sızdırmaktan tutuklandı. Bunun üzerine Cumhuriyet, Baransu'nun çalıştığı
Taraf gazetesinin eski Genel Yayın Yönetmeni Ahmet Altan'a konuyla ilgili görüşlerini sordu. Altan da gazeteye yazılı bir cevap verdi.
Altan, "Balyoz darbe planlarının basılmasına ben karar verdim. O planları bin defa önüme getirseler bin defa da basarım" dedi. Cumhuriyet de Altan'ın bu ifadelerini birinci sayfadan anonslayıp haber yaptı.
Ancak Cumhuriyet'in yeni "tarafı", başta Balyoz sanıkları olmak üzere herkesten büyük tepki aldı. Balyoz'tan hapis yatan ve MHP'den milletvekili olan Engin Alan, Cumhuriyet'e tepki gösterdi. Yine Balyoz nedeniyle hapis yatan Emekli Orgeneral Ergin Saygun'un kızı Ece Saygun ile Oda TV sanıklarından Barış Pehlivan da Cumhuriyet'e sert çıktı.