PKK üst yönetimi, sözde "Kürdistan"ın dört parçasındaki yapılanmaları bir çatı altında toplayan şemsiye yapısına "KCK" ismini veriyor. Buna göre PKK, KCK'nın Türkiye kolu iken, PYD de Suriye kolunu oluşturuyor. Örgütte Irak kolu PÇDK, İran kolu ise PJAK olarak isimlendiriliyor.
PYD, yapısını 2003-2015 arasında düzenlediği kongrelerde belirledi. Bu kongreler, PKK'nın yönettiği illegal terör kamplarında, örgütün yönlendirmesiyle yapıldı.
PKK, PYD'nin faaliyetlerinden sorumlu olması için PKK/KCK yürütme konseyi üyesi "Şahin Cilo Kobani-Mazlum" kod adlı Ferhat Abi Şahin'i belirledi. Böylece PYD, PKK'ya hesap veren bir örgüt olarak yapılandırıldı. Şahin, PYD'nin silahlı kanadı YPG'nin başına geçirildi. Silahlı kanadın 1 numarası durumundaki Şahin'in, ABD Başkanı Barack Obama'nın DAEŞ'le Mücadele Özel Temsilcisi McGurk'ün 31 Ocak 2016'daki Kobani (Tel Abyad) ziyaretinde yanından ayrılmadığı görüldü.
Ancak PYD üzerinde Kandil adına söz sahibi olan asıl isim Bahoz Erdal kod adlı Fehman Hüseyin. Hüseyin, 2014'ün ikinci yarısında itibaren Kandil'in Suriye genel sorumlusu. Kandil'de belirlenen stratejileri ve politikaları PYD kadrolarına Hüseyin dikte ediyor.