Demirkale'nin HTS (telefon görüşme trafiği) kayıtlarında Dink cinayetinden bir gün önce FETÖ savcısı Zekeriya Öz ile bir hattından 3 kez, diğer cep telefonu hattından 2 kez, cinayetten bir gün sonra da bir kez görüştüğü belirlendi.
Onlar bu görüşmeleri yaparken, Demirkale'ye bağlı ASAF timleri de Agos gazetesi ve çevresinde keşif yapıyordu. 2007'de Ergenekon operasyonlarıyla ünlenecek olan savcı Zekeriya Öz, cinayetten sonra polislerin ihmaline ilişkin soruşturmayı yürütecekti.
FETÖ'NÜN ALTIN ÇOCUĞU: MUHARREM DEMİRKALE
Jandarma Tim Komutanı Muharrem Demirkale için ise "FETÖ'nün altın çocuğu" deniyordu. Savcı Gökalp Kökçü, Öz ve Demirkale'nin yanı sıra o dönem İstanbul İl Jandarma Komutanlığında görevli Tuğgeneral Hamza Celepoğlu ve gazeteciler Ekrem Dumanlı, Adem Yavuz Arslan, Faruk Mercan, Ercan Gün'ün aralarında bulunduğu 28'i tutuklu 8'i firari 51 kişi hakkında üçüncü bir iddianame hazırladı.
Bu iddianame İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki ana dava ile birleştirildi. Bu son iddianamede, öncekilerden farklı olarak FETÖ'nün cinayete "yol verdiği" değil, "direkt iştirak ettiği" yönünde delillere yer verildi. Cinayetin doğrudan Gülen'in azmettirmesi ile işlendiği öne sürüldü.
DEŞİFRE OLUNCA TEHDİT
Selim Berna Altay dışında Fikret Seçen, Muammer Akkaş, Hikmet Usta gibi ilk başta Dink soruşturması ve davasına bakan hakim ve savcıların tamamına yakını FETÖ'den tutuklandı veya yurtdışında kaçtı. Seçen, Akkaş, Usta ve Öz halen FETÖ firarisi olarak aranıyor.
Öte yandan Ali Fuat Yılmazer, 16 Mart 2017'de mahkemedeki savunmasında "Gülen grubu bugün de benim için terör örgütü değil. Siz ileride hiç yargılanmayacağınızı mı düşünüyorsunuz" diyerek mahkeme heyetini tehdit etti. Azılı FETÖ'cüler zaman zaman benzer tehditlerle hakimlere ve savcılara gözdağı vermeye çalıştı.
DOSYA YARGITAY'DA
13 Haziran 2019'da tetikçi ve arkadaşlarının dosyası, zaman aşımı yakın olduğu için ayrıldı ve mahkeme 17 Temmuz 2019'da dosyası ayrılan 9 sanıktan 7'sine 2,5 yıldan 99,5 yıla kadar hapis, 2 sanığın beraatine karar verdi. Kamu görevlileri ve gazetecilerin yargılanması 26 Mart 2021'de tamamlandı.