Tedavi için gittiği Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde 3 Temmuz'da gözaltı işlemi uygulanan Hoşcoşkun, burada yaklaşık 2 hafta tedavi gördü.
Emniyetteki işlemlerinin ardından adliyeye sevk edilen Hoşcoşkun, cumhuriyet savcısınca sorgulandı. Cumhuriyet savcısı, Hoşcoşkun'u, anlatımlarının etkin pişmanlık kapsamında yeterli görülmemesi ve 2017 yılından bu yana firari olması nedeniyle tutuklanması talebiyle sulh ceza hakimliğine sevk etti.
Hakimlik de yeniden ifadesini aldığı Hoşcoşkun'un "FETÖ silahlı terör örgütü üyeliği" suçundan tutuklanmasına karar verdi.
Yükseköğretim Kurulunca 28 Şubat 2017'de Ege Üniversitesi'ndeki rektörlük görevinden açığa alınan Hoşcoşkun, 25 Ağustos'taki Kanun Hükmünde Kararname ile meslekten ihraç edilmişti.
Hoşcoşkun hakkında 11 Eylül 2017'de FETÖ soruşturması kapsamında yakalama kararı çıkarılmıştı.