İllegal yapı operasyon yapmak istediği kişi ve kurumlarla ilgili bir proje hazırlar. Operasyonlar isimli ya da sahte isimli e-mail, gayri resmi görüşme, ihbar yazıları ile başlar.
İhbar üzerine projenin ana fikri hakkında rapor yazılıyor ve yetkili savcılıktan soruşturma izni alınır.
Soruşturma, projeyi yazan polis memurları tarafından senaryoya uygun şekilde uygulanır.
Projeye konu olan olay özel yetkili savcıların görev alanına girecek şekilde belirlenir. Mutlaka örgüt olgusu oluşturulur. Yargıtayın içtihatlara göre 3'ten fazla kişinin bir araya gelmesi, suç işlemede irade birliği, hiyerarşik yapı, süreklilik gibi yapılan tanımlara uygun raporlar yazılır.
Projeye konu olan olay silahlı bir faaliyet ve silahlı suç örgütleri ile irtibatlandırılır.
Çekirdek örgüt varsayımı sonucu 3-5 kişi ile başlanan soruşturma teknik takip kararı sonrası aylar içinde binlerce kişinin dinlendiği bir şekle dönüşür.
Bu esnada polis, başlangıçta olayla ilgisi olmayan ve teknik takiple dosyaya giren bazı kişilerin suç işlenmesine göz yumar. Böylelikle hedef kişilerle aslında alakası olmayan bir çok münferit olaylarla örgüt kapsamı oluşturulur.
Çalışmanın sürmesi için ilk teknik takip kararı sistematik olarak uzatılır. Hakimler hiçbir talebi geri çevirmez. Proje senaryosu en baştan belli olduğundan, tapeler senaryoya uygun şekilde sıralanarak esasen gerçekleşen olaylar bu şekilde olmamasına rağmen suç teşkil ediyormuş gibi gösterilir.
Fotoğraflar çekilerek, senaryoyu destekleyen değerlendirmeler ile ileride yazılacak fezleke için veri oluşturulur.
Soruşturmada geniş sayıda şüpheli gözaltına alınır, senaryoya uygun hazırlanan sorgular yapılır ve şüphelilere aylar önce yaptıkları telefon görüşmeleri sorulur. 4 günlük gözaltı süresi sonuna kadar kullanılır ve sürenin son saatlerinde şüpheliler savcı karşısına çıkarılır. Bu süreçte fiziksel ve psikolojik baskı uygulanır, pişmanlıktan yararlanma karşılığı serbest bırakma vaatlerinde bulunulur.
Savcılık sorgusu tamamen yasal bir prosedürden ibarettir. Tutuklamaya sevk edilecekler, serbest bırakılacaklar, denetimli serbest kararı verilecekler listesi önceden polis tarafından savcıya verilir. Savcı, senaryoya uygun sorular sorar ve manipüle edilebilecek yoruma açık cevaplar kayıtlara geçer.
Nöbetçi hakim yine yasal prosedürü tamamlayıp mahkeme sorgusu ardından kendisine verilen listeye uygun şekilde tutuklama verir. Bu hakimler çoğunlukla soruşturma aşamasında teknik takip, gizli izleme gibi kararları veren kişilerdir.
Bu aşama sonrasında şüphelilerin itibarsızlaştırılması için şüpheli ifadeleri, teknik takip resimleri, telefon kayıtları gazeteciler ile paylaşılır. Soruşturmanın kamuoyunda kabul görmesi için algı operasyonu yapılır. İllegal yapının uzantısı olan medya mensupları sayesinde bu süreç senaryoya uygun şekilde yönetilir.
Algı operasyonu sonrası soruşturmada ikinci, üzüncü, dördüncü dalgalar gelir. Dosya, kapsam ve kişi bakımından şişirilerek etkin bir savunmanın önüne geçilir. Suçsuz olan kişiler mahkemeye çıkarılıp, serbest bırakılır ve adil yargılama görüntüsü oluşturulur.
En başta yazılan senaryo fezleke olur. Savcı, dosyadaki 'fezleke' başlığını 'iddianame' diye değiştirip kısa bir hukuki değerlendirme yazar. En baştaki senaryo mahkeme kararında kelime kelime aynen geçer.
İddianamenin mahkeme tarafından kabulüne kadar asla tahliye uygulanmaz. Özel yetkili mahkemelerde kabul gören temel anlayış, tutuklanan kişilerin iddianame okunana kadar tutuklu kalması üzerinedir.
Kovuşturma aşaması da illegal yapının bağlantı içinde olduğu özel yetkili hakimler eliyle yürütülmekte ve bu süreçte temel usul kuralları ve savunma hakları gözetilmemektedir. Şüpheli lehindeki deliler senaryoyu bozacağından soruşturma boyunca saklanır, iddianameye girmez. Avukatların sözlü savunma hakları fiilen engellenir.
İllegal yapının Yargıtay'da da bağlantıları vardır. İllegal yapının parçası bu hakim ve savcılar örgüt davaların bakan dairelerde yoğunlaşmaktadır. Özel Yetkili Mahkemeler'den çıkan kararların en baştaki senaryoya uygun şekilde kesinleşmesini sağlarlar.
DİĞER