2013'te Vakıf üyesi Prof. Aydın Aybay'ın vefatı üzerine bir üyenin seçimi yapıldı. Alev Coşkun'un ekibi seçimde hukuka aykırılık gerekçesiyle itiraz edince Şubat 2014'te vakıf yönetimi tamamıyla Akın Atalay ve ekibinin eline geçti. Alev Coşkun ve ekibi bunu 'hukuka aykırı' diye niteleyip şikâyette bulundu. Vakıflar Genel Müdürlüğü incelemelerinin ardından Coşkun'un ekibi 1. Asliye Hukuk Mahkemesi'nde dava açtı.
Vakıf Yönetimi'nde yaşanan değişim ardından gazetenin FETÖ çizgisine kaydığı ileri sürülmüş, Can Dündar'ın Genel Yayın Yönetmeni yapılması ile Cumhuriyet adeta FETÖ yayın organı haline gelmekle suçlanmıştı. MİT TIR'ları ile ilgili ihanet gibi bir manşet de bu dönemde atılmıştı.
Alev Coşkun ve arkadaşlarının 4 yıl süren hukuk mücadelesi zafer ile sonuçlandı. Süreç şöyle gelişti: Alev Coşkun ve arkadaşları Cumhuriyet Vakfı'nda 18 Şubat 2014 tarihli seçimlerin iptali için mahkemeye başvurdu.
İstanbul 1. Asliye Hukuk Mahkemesi Cumhuriyet Vakfı'nın 18.02.2014 tarihinde yaptığı seçimleri iptal etti ve bu seçimleri hukuken yok hükmünde saydı. Mahkemenin 02.05.2017 tarihinde verdiği bu karar önce İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi'ne götürülerek itiraz edildi. Bölge adliye mahkemesinin yerel mahkemenin kararını onaması üzerine önceki vakıf yöneticileri kararı Yargıtay'a taşıdı.
YARGITAY KARARI ONADI
Yargıtay 8. Dairesi itirazı inceledi ve İstanbul 1. Asliye Hukuk Mahkemesi'nin iptal kararını 03.08.2018 tarih ve 2018-9860 esas 2018-14781 sayılı kararı ile onadı. Yargıtay'ın bu kararına uyularak 7 Eylül 2018 tarihinde seçim yapıldı ve Cumhuriyet Vakfı'nda yeni bir yönetim oluşturuldu.
Vakfın yeni yönetim kurulu şöyle: Alev Coşkun — Başkan, Şükran Soner, İnan Kıraç, Işık Kansu, Ali Sirmen, Şevket Tokuş, Mustafa Balbay, İbrahim Yıldız, İrfan Hüseyin Yıldız, Prof. Tayfun Akgüner, Turan Karakaş.
Cumhuriyet Gazetesi'nin sahibi konumundaki Cumhuriyet Vakfı'nın başkanlığına vakfın eski başkanı Aydınlık Gazetesi Yazarı Alev Coşkun getirildi. Yeni yönetim mevcut Genel Yayın Yönetmeni Murat Sabuncu'yu görevden alırken yerine Haber Koordinatörü Aykut Küçükkaya'yı Genel Yayın Yönetmeni yaptı.
VAKFIN YENİ YÖNETİMİNDE...
Vakfın yeni yönetiminde, eski yönetime göre hayatını kaybeden İlhan Selçuk ile Cüneyt Arcayürek bulunmuyor. Onların yerine Doğu Perinçek'in liderliğindeki Vatan Partisi'nden İzmir 1. Bölge milletvekili adayı olan Turan Karakaş, gazetenin eski genel yayın yönetmeni İbrahim Yıldız ile TRT'nin eski genel yayın yönetmeni Tayfun Akgüner bulunuyor. Vakfın başkanvekilliğine Ali Sirmen, genel sekreterliğe Işık Kansu, saymanlık görevine de İrfan Hüseyin Yıldız'ın getirildiği öğrenildi.Cumhuriyet Vakfı'nın yeni yönetiminden yapılan ilk açıklamada gazetenin ilkelerine vurgu yapılarak "Bir süredir eksikliğini gördüğümüz Atatürk ve onun temel ilkeleri Cumhuriyet gazetesine kesin olarak geriye dönmüş bulunuyor. Cumhuriyet gazetesi bir dava gazetesidir" denildi.
DİĞER