Başbuğ, Ergenekon soruşturması kapsamında 5 Ocak 2012'de Cumhuriyet Savcısı Cihan Kansız'a ifade vermiş, ardından tutuklanması istemiyle nöbetçi mahkemeye sevk edilmişti. Nöbetçi mahkemeye çıkan Başbuğ, saat gece yarısını geçtikten sonra 6 Ocak'ta tutuklanmıştı.
Başbuğ, dava kapsamında çıktığı ilk duruşmada kısa bir beyanda bulunarak ifade vermeyeceğini belirtmiş, sonraki duruşmaların birçoğuna ise katılmamıştı.
İstanbul 20. Ağır Ceza Mahkemesi, tahliyesine oy birliğiyle karar verdiği İlker Başbuğ hakkında yurt dışına çıkış yasağı konulmasını kararlaştırdı.
