Söz konusu mirasın temelleri; 1940'ların ortalarına kadar Boğaz, Marmara ve Haliç hatlarında vapurlarla yolcu taşımacılığı gerçekleştiren üç ayrı işletmeye dayanıyor.
Marmara hattında faaliyet gösteren işletme; 1844' te Bahriye Nezareti'ne bağlı olan Hazine-i Hassa Vapurları İdaresi'nin, İstanbul, İzmit, Gemlik ve Tekirdağ iskelelerinin yanı sıra, İstanbul'da Sirkeci–Adalar, Sirkeci–Pendik, Sirkeci–Yeşilköy arasında vapur işletmeye başlamasıyla oluştu.
Bu işletme, 1862' de Fevaid-i Osmaniye İdaresi'ne 1871' de İdare-i Aziziye İdaresi'ne 1878' de İdare-i Mahsusa'ya, 1910' da Osmanlı Seyr-i Sefain İdaresi'ne dönüştü. 1933' te Seyr-i Sefain İdaresi çatısı altında; Adalar, Anadolu Yakası iskeleleri ve Yalova hattından oluşan Marmara hattında faaliyet gösteren AKAY İdaresi kuruldu. Akay İdaresi ise, 1937' de kurulan Devlet Deniz Yolları İşletme Umum Müdürlüğü çatısı altında yer alan Şehir Hatları İşletmesi'ne dönüştü.
İstanbul sularında vapur taşımacılığının Şehir Hatları İşletmesi altında bir araya gelmesi süreci; vapurların 1858' den itibaren işlediği Haliç hattında faaliyet gösteren Haliç Vapurları Şirketi'nin 1941 yılında Şehir Hatları İşletmesi'ne katılmasıyla başladı. Boğaz hattında vapur işletmek üzere 1851' de kurulmuş olan Şirket-i Hayriye'nin ise, 1945' te kamulaştırılarak bütün haklarının Şehir Hatlarına İşletmesi'ne devredilmesi ile vapur taşımacılığı tek bir çatı altında toplanmış oldu.
Böylece, 1945 yılından itibaren Boğaz, Marmara ve Haliç hatlarında vapur taşımacılığını tek başına üstlenmiş bir hale gelen Şehir Hatları İşletmesi, 1952' de kurulan Denizcilik Bankası yerine 1983' te kurulan Türkiye Denizcilik Kurumu ve 1948' te kurulan Türkiye Denizcilik İşletmeleri Genel Müdürlüğü' ne bağlı olarak faaliyetlerini sürdürdü.
Şehir hatlarında Yeni Dönem
2005 yılında, Türkiye Denizcilik İşletmeleri bünyesindeki Şehir Hatları İşletmesi, Özelleştirme Yüksek Kurulunun kararıyla İstanbul Büyükşehir Belediyesi' ne devredildi. Şehir hatlarında yeni bir dönemin başlangıcı olan bu dönemde; tasarımını İstanbulluların halk oylaması ile seçtiği 5 yeni yolcu vapuru, yeni nesil modern araba vapurları ve panoramik görüş açısına sahip 3 yeni Haliç vapuru inşa edilerek hizmete alındı. Aynı dönemde eski nesil yolcu vapurları ile tarihi önem ve değere sahip vapur iskelelerinin restorasyonu gerçekleştirilerek bazı iskeleler yeniden inşa edildi.
Şehir Hatları A.Ş. Kuruluşu
İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanlığı, İstanbul' un deniz ulaşımına ve trafik sorununun çözümüne katkıda bulunmak amacıyla 2010 yılında, İstanbul Şehir Hatları Turizm San. Tic. A.Ş.'yi kurdu.