2002 yılında Hilmi Özkök'ün Genelkurmay Başkanı olmasından sonra Türk Silahlı Kuvvetleri'nde "Fetullahçılık" ihraç sebebi olmaktan çıkmıştı. FETÖ çatı iddianamesi ve basına yansıyan rakamlara göre de Özkök'ün görev yaptığı 2003-2006 dönemde TSK'dan FETÖ'cülerin atılmadığı görülüyordu.
Nitekim Sözcü gazetesine bu konuda yaptığı açıklamada "Fetullahçılık suç olmadığı için ihraç etmedik" dedi. Hilmi Özkök'ün bu açıklamasından sonra CNN Türk televizyonunda bu sözlerini eleştirdiğimde kendisi programa bağlandı. "Fetullahçılık" konusunda yargı kararı olmadığını iddia ederken, "irtica" başlığı altında ihraçlarını yaptıklarını söyledi.
Oysa "Nurculuk/Fetullahçılık faaliyetleri" konusunda mahkeme kararları vardı, göreve geldiği 2003 yılında da FETÖ elebaşı Gülen hakkında Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 4616 sayılı kanun çerçevesinde ertelenmiş bir mahkûmiyet kararı da çıkmıştı. Ayrıca 2004 yılının Haziran'ındaki MGK toplantısında bizzat kendisi Fetullahçıların "devlet içinde devlet olduğu, Emniyet, Milli Eğitim, Dışişleri ve TSK'ya sızdığına dair" rapor sunmuştu. Ayrıca kendisinin suç saymadığı "Fetullahçılık", "irtica" başlığı altında nasıl ihraç sebebi olabildi belli değil. Öte yandan Özkök'ün Genelkurmay Başkanlığı ile TSK'dan "Fetullahçılık" gerekçesiyle ihraçlar durmuş, kendisinden sonraki Genelkurmay başkanları da aynı yolu izlemişti. Ancak kendisinden önceki Genelkurmay başkanları "Fetullahçılık" gerekçesiyle subay ve astsubay ihraçlarına imza atmıştı. Eğer Özkök'ün deyimiyle "Fetullahçılık" suç değilse, kendisinden önceki Genelkurmay başkanları yaptıkları ihraçlarla suç işlemişlerdi, öyle mi!
