20 Ocak 1995 yılında Alaattin Çakıcı, eski eşi Uğur Kılıç'ın ölümünde azmettirci olduğu gerekçesiyle 19 yıl 2 ay ceza aldı. Yurtdışında kaldığı sürede; ABD, Belçika, İtalya, Güney Afrika, Brezilya, Singapur, Japonya ve Fransa'da dolaştığı belirlendi. Çakıcı, 17 Ağustos 1998 yılında Türk ve Avusturya polisiyle birlikte düzenlenen bir operasyonla Fransa'nın Nice kentinde yakalandı. Bir süre sonra Türkiye'ye iade edildi. 14 Aralık 1999 tarihinde Kartal cezaevine konuldu. 29 Kasım 2002 tarihinde serbest bırakıldı.
Karagümrük Baskını davasından dolayı Çakıcı, 7 Nisan 2004 tarihinde 3 yıl 4 aylık bir hapis cezasına çarptırıldı. Hakkında çıkarılan yakalama kararı sonrası 14 Temmuz 2004 tarihinde Avusturya'nın Graz kentinde yakalandı. 5 Ekim 2004 tarihinde Viyana Eyalet Mahkemesi Çakıcı'nın Türkiye'ye iadesine karar verdi.
14 Ekim 2004 tarihinde Tekirdağ Tipi Cezaevine koyulan Alaattin Çakıcı, 15 Temmuz 2016 yılında Bolu F Tipi Cezaevine nakledildi. Mart 2017 yılında Kırıkkale'nin Keskin ilçesindeki F Tipi Cezaevine nakledilmesine karar verildi. 30 Mart 2017 yılında Bolu F Tipi Cezaevinde tutulurken çeşitli gerekçelerle 10 ay hapis cezası daha verilmiştir.
Alaattin Çakıcı son evliliğini, ilk eşi Gönül Kurtuluş ile yapmıştır.