Tehditle tahsilât yapmak, zorla alıkoymak, adam öldürmeye azmettirmek ve benzeri suçlardan yedi ay boyunca aranan Peker, teslim olacağını bildirerek 19 Ağustos 1998'de Romanya'dan Türkiye'ye getirildi.Eylül 1998'de Peker ve adamları hakkında 7,5 yıla kadar hapis istemiyle dava açıldı. 12 sanıkla birlikte çete oluşturmak suçundan yargılandığı davada, 24 Mayıs 1999'da tahliye edildi. Sekiz ay 29 gün cezaevinde bulundu.12 Mart 2005 tarihinde İstanbul Kaçakçılık ve Organize Suçlar Şube Müdürlüğü tarafından yapılan Kelebek Operasyonu ile tutuklanmış ve İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesinde görülen dava 31 Ocak 2007 tarihinde karara bağlanarak 14 yıl 5 ay 10 gün hapis cezasına çarptırılmıştır.
Peker ayrıca örgüt kurmak, tehdit, iş yeri kurşunlama, yaralama, hürriyeti tahdit, yağma ve sahte kimlik kullanma iddiasıyla İzmir 10. Ağır Ceza Mahkemesinde yargılandı.Ergenekon davasında "silahlı terör örgütü kurma" suçuyla yargılanmıştır. Kelebek Operasyonu davasının bozulan bölümü yeniden karara bağlandı. Sedat Peker'e 1 yıl 3 ay hapis cezası verildi. Böylece hükümlü olduğu süreye 1 yıl 3 ay daha eklenmiştir.
Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında Sedat Peker'e 10 yıl hapis cezası verildi.10 Mart 2014 tarihinde Özel yetkili mahkemelerin kararlarına ilişkin yasa değişikliği ve tutukluluk süresi 5 yılı aştığı için mevzuat gereği tahliye edildi.