2006-07 sezonuna da iyi bir başlangıç yapan Eboue, Eylül ayında Arsenal Ayın Oyuncusu seçildi. Fakat daha sonra milli maçta yaşadığı sakatlık yüzünden Ekim ayında forma giyemedi. 2006 ve 2007 yıllarını ara ara sakatlanarak geçiren Eboue, sağlam olduğu dönemlerde çoğunlukla maçlara ilk 11'de çıktı.
Mayıs 2007'de sözleşmesini uzatarak kendisine güvenini gösteren Arsène Wenger, Bacary Sagna'nın takıma katılmasıyla Eboue'yi sağ açık pozisyonunda denemeye başladı. 2008-09 sezonunda çok başarılı bir performans gösteremeyen Eboue, sakatlıktan kurtulan sağ açık Theo Walcott'un arkasında yedek kalmaya başladı.
2010 yılı sonunda bir kez daha Arsenal'le olan sözleşmesini uzattı ve takımdan ayrılacağı yönündeki spekülasyonları bitirmiş oldu. 2010-11 sezonunda toplamda 27 lig maçında görev alan Eboue, 1 de gol attı.
2011 yazında Gervinho'nun Arsenal'e transferiyle gözden düşen ve 27 numaralı forması da Gervinho'ya verilen Eboue, Tottenham ve Roma takımlarından gelen teklifleri geri çevirerek 16 Ağustos'ta 3,5 milyon euro karşılığında Galatasaray'a transfer oldu ve takımla 4 yıllık sözleşme imzaladı.
Galatasaray'da ilk defa Real Madrid ile yapılan Santiago Barnebau Kupası maçında forma giyen oyuncu bu maçta Arda Turan'ın boşalttığı Sol açık mevkiinde forma giymiş ve Selçuk İnan'a asist yapmıştır. 2011-2012 sezonunun başlarında da sol açık mevkiinde forma giyen oyuncu sol açıkta bekleneni verememiş ve sağ açığa çekilmiştir. Sağ açık mevkiinde de başarılı olamayan Eboue, Fatih Terim tarafından Beşiktaş derbisinde kendi pozisyonu olan sağ beke geçmiş ve bu mevkiide başarılı performans göstererek ilerleyen maçlarda da bu mevkiide oynamıştır.
Eboue, Galatasaray'daki ilk resmi golünü Süper Lig'in 2011-12 sezonunun 13. haftasında oynanan Gençlerbirliği deplasmanında kaydetmiş ve takımı maçtan 1-0 galip ayrılmıştır.
Eboue 2011-2012 sezonun başında İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçında forma giymiş fakat Milli takımına çağırılmış ve yaklaşık 1 ay boyunca Galatasaray'dan uzak kalmıştır. Fildişi sahili milli takımıyla finale kadar çıkan Eboue, finalde elenmiştir ve Türkiye'ye geri dönmüştür. Türkiye'ye geldiğinden 1 gün sonra Mersin İdman Yurdu maçında forma giyen oyuncu bu maçta ufak bir sakatlık geçirmiş ve yerini Sabri Sarıoğlu'na bırakmıştır.
Takımının Süper final'de oynadığı tüm maçlara ilk 11'de başlayan Eboue, Süper Final'in 3. haftasında Trabzonspor deplasmanında 1 gol 1 asist ile oynamış ve gazeteciler tarafından maçın adamı seçilmiştir. Ayrıca Eboue, Galatasaray forması giydiği ilk sezonda şampiyonluk sevinci yaşamıştır. 2012-13 sezonunda da bir çok maçta forma giyen Emmanuel Eboue, bu sezondaki ilk golünü Şampiyonlar ligi'nde Real Madrid ağlarına yollamıştır.
