Daha sonra Gümüşhanespor ve Pazarspor'da teknik direktörlük yaptı ve 2005-06 tekrar Trabzonspor'da altyapı antrenörlüğü yaptı. 2006 yılından beri sadece teknik direktör olarak görev almaktadır. 2009-10 sezonunun 4. haftasında 2. Lig ekiplerinden TKİ Tavşanlı Linyitspor'da teknik direktörlük görevini üstlendi. Ligin düşme hattından devraldığı takımı beklenmedik bir şekilde Play-off Şampiyonu yaparak 1. Lig'e yükseltmeyi başardı. 2010-11 sezonunda çok kısıtlı imkanlara rağmen TKİ Tavşanlı Linyitspor'u lig'de şampiyonluğa oynayan bir ekip haline getirmesi kamuoyunun takdirini topladı. Bu başarısına rağmen sezon bitimi kulüp yönetimiyle anlaşmaslizlığa düşmüştür. Bunun üzerine sözleşmesi çift taraflı feshedildi. Yerine birkaç gün sonra Coşkun Demirbakan'ın getirildiği açıklandı.
1. Lig ekiplerinden teklifler almasına rağmen, 10 Haziran 2011 tarihinde 2. Lig ekiplerinden 1461 Trabzon'un başına geçti. Takımıyla ligin ilk 7 haftası sadece 2 galibiyet alsa da 1461 Trabzon, sezon sonunda Spor Toto 2. Lig Kırmızı Grup'u zirvede bitirerek 1. Lig'e yükseldi.1. Ligde ilk sezonda ligi 3.sırada bitirip play off oynamaya hak kazansalar da federasyonun kurallarına göre play off oynama haklarını alamamışlardır.
27 Mayıs 2013 tarihinde bir gün önceki Trabzonspor'un 15. Genel Kurulunda başkan seçilen İbrahim Hacıosmanoğlu tarafından Trabzonspor'un teknik direktörlüğüne getirildi. Trabzonspor ile Avrupa Ligi'nde 12 maçta 9 galibiyet 3 beraberlik almıştır. 10 Şubat 2014 tarihinde yönetimle görüştükten sonra sözleşmesi karşılıklı olarak feshedildi.
21 Mayıs 2014 itibarıyla Akhisar Belediyespor'la 1 artı 1 yıllık sözleşme imzalamıştır.
28 Aralık 2014 tarihinde Akhisar Belediyesporkendi sahasında Çaykur Rizespor'a 4-0 kaybedince kulüple karşılıklı olarak anlaşarak yollarını ayırmışlardır.
13 Temmuz 2015 tarihinde Osmanlıspor ile 3 yıllık sözleşme imzalamıştır. Osmanlıspor'un başında çıktığı UEFA Avrupa Ligi maçlarının 7'sinde de yenilgi yüzü görmeyen Akçay, turnuva tarihindeki yenilmezlik serisini sürdürmektedir. 18 Mart 2017 tarihinde Kasımpaşaspor karşısında 3-2 yenilgiden sonra istifa ettiğini açıkladı. 2017-18 sezonu başında Aykut Kocaman'dan boşalan Konyaspor teknik direktörlük görevine getirilmiştir. Konyaspor'la 24 Ekim 2017'de yollarını ayıran teknik adam 27 Ocak 2020 tarihinde Ankaragücü ile anlaşmıştır. 23 Haziran 2020 tarihinde görevinden ayrılmıştır. 18 Ocak 2021 tarihi itibari ile Kocaelispor ile 30 Haz 2023 tarihine kadar anlaşma imzalamıştır.