İsrail'in 12 Temmuz 2006'da Lübnan'a ve 27 Aralık 2008'de Gazze Şeridi'ne saldırması, Türkiye'den büyük tepki aldı.
2009 yılı başında Davos'ta düzenlenen Dünya Ekonomik Forumu'ndaki bir oturumda eski İsrail Cumhurbaşkanı Şimon Peres'in Gazze saldırılarını meşrulaştıran sözleri ve diplomatik sınırları ihlal eden davranışı karşısında dönemin Başbakanı Erdoğan tepkisini gösterdi.
Erdoğan'ın uluslararası kamuoyunda "one minute" çıkışı olarak hatırlanan tepkisi, Arap kamuoyu başta olmak üzere tüm dünyada yankı uyandırdı.
Erdoğan'ın Peres'e "Sesinin benden çok yüksek çıkması bir suçluluk psikolojisinin gereğidir. Öldürmeye gelince siz öldürmeyi çok iyi bilirsiniz. Plajlardaki çocukları nasıl öldürdüğünüzü, nasıl vurduğunuzu çok iyi biliyorum." sözleriyle verdiği karşılık ve "Davos benim için bitmiştir." diyerek oturumu terk etmesi uzun süre gündemde kaldı.
2009 sonbaharı ve 2010 başlarında İsrail'in Türkiye'de yayınlanan bazı dizilerde kendisine düşmanlık yapıldığı gerekçesiyle Dışişleri Bakanlığına çağrılan Türk Büyükelçisi'ni alçak koltukta oturtma nezaketsizliğinden ötürü iki ülke arasındaki tansiyon yeniden yükseldi.
İSRAİL'İN MAVİ MARMARA SALDIRISI
31 Mayıs 2010'da gerçekleşen Mavi Marmara katliamı ilişkilerdeki en büyük kırılma noktalarından oldu.
İsrail, Gazze'ye yönelik ablukayı delmek üzere insani yardım götüren konvoya uluslararası sularda müdahale etti. Gemide 9 Türk vatandaşı katledildi. Ağır yaralanan 1 vatandaş da daha sonra hayatını kaybetti.
Türkiye, olayın ardından Tel Aviv Büyükelçisi'ni geri çekerken İsrail'den derhal özür dilemesini, kurbanların ailelerine tazminat ödemesini ve Gazze'deki ablukayı kaldırmasını istedi.
İsrail'in adım atmaması üzerine Türkiye ilişkileri asgari seviyeye indirdi. Diplomatik temsili maslahatgüzar seviyesine düşürdü ve tüm askeri anlaşmaları askıya aldı.
NORMALLEŞME SÜRECİ
İsrail Başbakanı Binyamin Netanyahu, 22 Mart 2013'te Başkan Recep Tayyip Erdoğan'ı telefonla aradı. Mavi Marmara katliamındaki can kayıpları ve yaralanmalardan ötürü İsrail adına Türk halkından özür diledi. Erdoğan özrü Türk halkı adına kabul etti.
İki ülke arasında "Tazminata İlişkin Usul Anlaşmasının Onaylanmasının Uygun Bulunduğuna Dair Kanun Tasarısı", 20 Ağustos 2016'da TBMM Genel Kurulunda kabul edildi.
İsrail, üzerinde mutabık kalınan Mavi Marmara olayında yakınlarını kaybeden ailelere ödenecek 20 milyon dolarlık tazminatı Eylül 2016'da Türkiye'ye gönderdi.
İki ülkenin mutabık kaldığı bir başka başlık olarak Gazze'ye yönelik yaptırımların hafifletilmesi ve insani koşulların iyileştirilmesi kapsamında, Türkiye'nin gönderdiği insani yardımlar Gazze'ye ulaştırıldı.
TRUMP'IN KUDÜS KARARI
Eski ABD Başkanı Donald Trump'ın 6 Aralık 2017'de Kudüs'ü "İsrail'in başkenti" olarak tanıması ve ülkesinin Tel Aviv'deki büyükelçiliğini 14 Mayıs 2018'de resmen Kudüs'e taşıması bölgede infiale yol açtı.
Abluka altındaki Gazze sınırında, ABD'nin büyükelçiliğini Kudüs'e taşıması ve İsrail'in kuruluş yıl dönümü olan Nekbe'nin (Büyük Felaket) 70. yılını protesto etmek için gösteriler düzenlendi.
Gösterilere müdahale eden İsrail askerlerinin saldırılarında 60'tan fazla Filistinli hayatını kaybetti, 3 binden fazlası yaralandı.
Ankara, Gazze sınırındaki olaylar nedeniyle İsrail'in tutumunu protesto ederek İsrail'in Ankara Büyükelçisi Eitan Naeh'i Dışişleri Bakanlığına çağırdı ve bir süre ülkesine dönmesini istedi.
Kısa süre sonra tarafların talebi üzerine Türkiye Filistin nezdindeki Kudüs Başkonsolosu Büyükelçi Gürcan Türkoğlu'nu, İsrail de İstanbul Başkonsolosu Yosef Levi Sfari'yi çekti.
NORMALLEŞME ADIMLARI
Başkan Erdoğan ile 7 Temmuz 2021'de göreve gelen yeni İsrail Cumhurbaşkanı Isaac Herzog arasında gelişen diyalog, Türkiye ile İsrail arasında yeniden normalleşme adımlarının atılmasını sağladı.
Erdoğan, 12 Temmuz 2021'de mevkidaşı Herzog ile telefon görüşmesi yaparak göreve başlaması dolayısıyla tebrik etti.
Türkiye-İsrail ilişkilerinin, Orta Doğu'nun güvenliği ve istikrarı bakımından büyük önem taşıdığını vurgulayan Erdoğan, iki ülke arasında enerji, turizm ve teknoloji başta olmak üzere muhtelif alanlarda yüksek bir iş birliği potansiyeli olduğunu ifade etti.