Marisa Theresia'nın resmi unvanı Avusturya Arşidüşesi, Macaristan ve Bohemya Kraliçesi'ydi. Eşini ortak yönetici ilan etti. Ne var ki kadın olduğu için tahtını tanımak istemediler. Avusturya, Büyük Britanya, Hollanda ve Silezya müttefik oldu ve Fransa, Prusya ve İspanya'ya karşı savaştı. Avusturya Veraset Savaşları adıyla bilinen bu dönem 8 yıl sürdü. Savaş sonunda Maria Theresia bazı tavizler sonucu tahtını korumayı başardı.
1765'te Albert ölünce ülkeyi oğlu II. Joseph'le birlikte yönetti. Koyu bir Katolik olduğu için aydınlanma yolunda özgür düşüncenin tümünü yasakladı. Hoşlanmadığı kitapları toplattı. Açıkça nefret ettiğini söylediği Yahudiler ve Protestanlar üzerinde büyük baskı uyguladı.
Cizvitleri ülkeden sürdü. Buna rağmen kiliseye teslim olmadı, aksine devletin kilise üzerindeki egemenliğini arttırdı. Çocuklarının ölümünün de etkisiyle, başta çocukların aşılanması olmak üzere halk sağlığına özel önem verdi. Albert'le olan evliliğinden 11'i kız, 5'i erkek 16 çocuğu oldu. 17 Kasım 1780'de 40 yıl hüküm sürdüğü Viyana'daki Hofburg Sarayı'nda öldü. Yerine oğlu II. Joseph geçti.